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• 2008年12月

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平成21年度税制改正の概要

平成２０年１２月
	厚生労働省

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目次

第１健康な生活と安心で質の高い医療の確保等のための施策の推進 第２働く意欲を有するすべての人たちの就業の実現 第３安定した雇用・生活の実現と安心・納得して働くことのできる環境整備 第４高齢者等が生き生きと安心して暮らせる福祉社会の実現と少子化対策の推進風 第５障害者の自立支援の推進 第６各種施策の推進

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(1)社会医療法人が救急医療等確保事業の用に供する病院及び診療所に係る非課税措置の創設〔固定資産税、都市計画税、不動産取得税〕

地域の救急医療、へき地医療、産科・小児科医療などを守るため、都道府県の医療計画に基づき特に地域で必要な医療の提供を担う社会医療法人について、救急医療等確保事業（救急医療、災害医療、へき地医療、周産期医療、小児医療（小児救急医療を含む。））を行う病院及び診療所に係る固定資産税、都市計画税及び不動産取得税を非課税とする措置を講ずることとされた。

（＊）救急医療等確保事業を行っている病院又は診療所については、有料駐車場等を除き、全体が非課税とされた。救急医療等確保事業を行っていない病院又は診療所は非課税措置の対象とならない。

(2)医療関係者の養成所に係る非課税措置の創設〔固定資産税、都市計画税、不動産取得税〕

一般社団法人及び一般財団法人（非営利型法人に限る。）、社会医療法人、社会福祉法人、独立行政法人労働者健康福祉機構、健康保険組合及びその連合会並びに国家公務員共済組合及びその連合会が設置する助産師、看護師、准看護師、理学療法士、作業療法士、臨床検査技師、歯科技工士及び歯科衛生士の養成所の固定資産税、都市計画税及び不動産取得税について、非課税とする措置を講ずることとされた。

※(3)一般社団法人又は一般財団法人に移行した法人が設置する医療関係者の養成所、社会福祉施設等に係る地方税の非課税措置の創設〔固定資産税、都市計画税〕

(4)高額な医療用機器に係る特別償却制度の適用期限の延長〔所得税、法人税、個人住民税、法人住民税、事業税〕

医療保健業を営む個人又は法人が、取得価格５００万円以上の医療用機器等を取得した場合に、取得価格の１４％の特別償却を認める特例措置については、対象となる機器等を取得価格５００万円以上の「高度な医療の提供に資するもの又は承認等を受けてから２年以内のもの」(注１）に見直しを行った上で、その適用期限を２年間延長することとされた。

(5)医療安全に資する医療機器等の導入に係る特別償却制度の延長〔所得税、法人税、個人住民税、法人住民税、事業税〕

医療安全に資する医療機器等（＊）(注２）を取得した場合に、取得価格の２０％の特別償却を認める特例措置について、その適用期限を２年間延長することとされた。

（＊）医療安全に資する医療機器等
人工呼吸器（警報機能付き），シリンジポンプ（警報機能付き），
生体情報モニタ（人工呼吸器との同時設置に限る），
生体情報モニタ連動ナースコール制御機（警報情報表示機能付き），
自動錠剤分包機，注射薬自動払出機，医療情報読取照合装置，
調剤誤認防止装置，分娩監視装置，特殊寝台（高さ調整機能付き）

(6)平成１２年医療法改正による改正後の構造設備基準に適合した病院等への建替えに係る特別償却制度の適用期限の延長〔所得税、法人税、個人住民税、法人住民税、事業税〕

平成１２年医療法改正による改正後の構造設備基準に適合した病院・有床診療所への建て替えを行った場合の建物について、基準取得価格（取得価格の１／２）の１５％の特別償却を認める特例措置については、対象となる医療機関について一部見直し（＊）を行った上で、その適用期限を２年間延長することとされた。

（＊）対象となる病院用建物の要件である「医療の提供体制の整備に資するため」の基準を見直す。

※(7)地震防災対策用資産に係る特例措置の延長及び拡充〔所得税、法人税、個人住民税、法人住民税、事業税、固定資産税〕

医療機関などが取得した地震防災対策用資産に係る特別償却制度について、対象資産（緊急地震速報受信装置の追加等）、特別償却率（８％→２０％）等の見直しを行った上で、その適用期限を２年間延長することとされた。

また、医療機関などが保有する地震防災対策用資産に係る課税標準の特例措置について、対象資産（緊急地震速報受信装置の追加等）、課税標準の特例率（５年間４分の３→３年間３分の２）等の見直しを行うこととされた。

（＊）見直し後の対象資産
緊急地震速報受信装置及びその関連設備（感震装置・緊急遮断装置）

(8)社会保険診療報酬に係る非課税措置の存続〔事業税〕

現行の課税特例措置については、存続することとされた。

(9)医療法人の社会保険診療以外部分に係る軽減措置の存続〔事業税〕

現行の課税特例措置については、存続することとされた。

(10)社会保険診療報酬等に係る消費税のあり方の検討〔消費税〕

社会保険診療報酬に係る消費税のあり方の検討については、税体系の抜本的改革を行う際に検討することとされた。

(1)新型インフルエンザ対策に係る医療提供体制整備促進税制の創設〔所得税、法人税、個人住民税、法人住民税、事業税〕

新型インフルエンザ対策における医療提供体制の整備のために、感染症指定医療機関をはじめとする医療機関において、簡易陰圧装置（＊）(注３）を取得した際に、取得価格の２０%の特別償却を認める措置を講ずることとされた。

(＊)簡易陰圧装置

病院において、感染症の２次感染のリスクを低減させるためには、病原菌などが外に漏れないよう、気圧を低くした病室である「陰圧室」の設置が有効である。しかしながら、陰圧室の設置には大規模な改築が必要となり、多大なコストがかかることになる。簡易陰圧装置は、一般病室に装置を据えて簡易的なダクト工事をするだけで、陰圧室に変えることを可能とする装置である。

(1)たばこ対策としてのたばこ税の税率の引上げ〔たばこ税、地方たばこ税〕

「検討事項」として、税制改正大綱において以下のように記述された。

近年、国際条約の発効や国民の健康増進の観点から、たばこ消費を積極的に抑制すべきとの指摘も出てくるなど、たばこをめぐる環境は変化しつつある。このような指摘は、財政物資というたばこの基本的性格に係わるものであることから、たばこに関するあらゆる健康増進策を総合的に検討した結果を受けて、たばこ税等のあり方について、必要に応じ、検討する。

なお、将来、たばこ税の負担水準を見直す際には、葉たばこ農家、たばこ小売店等への影響を勘案しつつ、税率と小売定価との関係を弾力的に考える。

(1)応益割保険税額の２割軽減要件の見直し〔国民健康保険税〕

国民健康保険税の応益割保険税額の２割軽減について、他の７割５割軽減と同様に一律に適用することとされた。

(2)介護納付金課税額の課税限度額の見直し〔国民健康保険税〕

国民健康保険税の介護納付金に係る課税限度額を１０万円（現行９万円）に引き上げることとされた。

(3)特別徴収の対象範囲の見直し〔国民健康保険税〕

国民健康保険税の特別徴収の対象者について、口座振替により納付する申し出があれば普通徴収とすることができることとされた。

注１〜３）対象となる機器等の詳細については、下記ＵＲＬの告示を参照。
            https://www.mhlw.go.jp/hourei/doc/hourei/1004G210331248.pdf

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(1)高齢者を多数雇用する事業所に係る特例措置の創設〔所得税、法人税、個人住民税、法人住民税、事業税〕

高齢者を多数雇用する事業所に係る特例措置の創設については、長期検討事項とされた。

(2)障害者を多数雇用する事業所に係る特例措置の延長〔所得税、法人税、個人住民税、法人住民税、事業税、固定資産税、不動産取得税〕

障害者を多数雇用する場合の機械等の割増償却制度並びに固定資産税の課税標準の特例措置及び不動産取得税の減額措置について、その適用期限を２年間延長することとされた。

※(3)子育て支援税制（事業所内託児施設に係る法人税の優遇措置（割増償却））の延長〔法人税、法人住民税、事業税〕

一定の要件の下、法人が事業所内託児施設を新設した場合、当該施設及びこれと同時に設置する一体の器具備品について、５年間２０％（中小事業主にあっては３０％）の割増償却ができる特例措置について、その適用期限を２年間延長することとされた。

（＊）対象法人

次世代育成支援対策推進法の規定に基づく一般事業主行動計画を策定し、同計画に託児施設の設置及び運営に関する取組方針を明記していること等一定の要件を満たす法人

（＊）事業所内託児施設の主な要件

(4)雇用保険法の改正に伴う税制上の所要の措置〔その他〕

現在検討を行っている雇用保険法等の改正の具体的内容を踏まえ、税制上の所要の措置を講ずることとされた。

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※(1)教育訓練費に係る税額控除制度の適用期限の延長〔所得税、法人税、法人住民税〕

中小企業を対象とした、教育訓練費の一定割合（８〜１２％）を税額控除することができる特例措置について、その適用期限を２年間延長することとされた。

※(2)住宅用家屋に係る登録免許税の軽減措置の適用期限の延長〔登録免許税〕

住宅を新築若しくは建築後未使用の住宅を取得した場合、一定の中古住宅を取得した場合又は住宅取得資金に係る抵当権を家屋に設定した場合における当該家屋の所有権の保存登記、移転登記又は抵当権設定登記に対する登録免許税の税率に係る特例措置について、その適用期限を２年間延長することとされた。

(3)青色事業専従者のみでの中小企業退職金共済制度への加入〔所得税、個人住民税、事業税〕

「検討事項」として、税制改正大綱において以下のように記述された。

小規模企業共済制度及び中小企業退職金共済制度の加入者の範囲の見直しについては、今後、各制度における加入対象者の範囲の見直しが行われる際には、新規加入者の制度上の位置付け等を勘案し、その掛金等の税制上の取扱いについて措置する。

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│	※(4)子育て支援税制（事業所内託児施設に係る法人税の優遇措置（割増償却））の延長〔法人税、法人住民税、事業税〕（再掲） (5)雇用保険法の改正に伴う税制上の所要の措置〔その他〕（再掲）	│
│		│
└		┘

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※(1)企業型確定拠出年金における個人拠出の導入に係る掛金の所得控除（小規模企業共済等掛金控除）の適用〔所得税、個人住民税〕

企業型確定拠出年金に導入される個人拠出（いわゆるマッチング拠出）の掛金は、その全額を所得控除の対象とすることとされた。

※(2)確定拠出年金の拠出限度額の引上げ〔所得税、法人税、個人住民税、法人住民税、事業税〕

確定拠出年金の拠出限度額について、次のとおり引き上げることとされた。

（１）企業型	（現行）	（改正後）
イ他の企業年金がない場合	月額４．６万円	月額５．１万円
ロ他の企業年金がある場合	月額２．３万円	月額２．５５万円
（２）個人型
イ企業年金がない場合	月額１．８万円	月額２．３万円

※(3)個人型確定拠出年金の加入対象者の見直しに係る掛金の所得控除（小規模企業共済等掛金控除）の適用〔所得税、個人住民税〕

「検討事項」として、税制改正大綱において以下のように記述された。

個人型確定拠出年金の対象者のあり方についても、引き続き検討を行う。

(4)療養病床の転換に係る特別償却制度の適用期限の延長〔法人税、法人住民税、事業税〕

療養病床の再編成に伴い、療養病床から老人保健施設等（＊１）への転換に際し、増改築をした場合、基準取得価額（＊２）の１５％の特別償却を認める特例措置について、その適用期限を２年間延長することとされた。

（＊１）老人保健施設等：老人保健施設、有料老人ホーム、ケアハウス、認知症高齢者グループホーム、小規模多機能型施設

（＊２）取得価額の５０％

(5)介護費用に係る所得控除制度の創設〔所得税、個人住民税〕

「検討事項」として、税制改正大綱において以下のように記述された。

要援護高齢者等の介護費用に係る税制上の措置については、介護保険の実施状況や介護保険制度改革に向けた検討状況を勘案しつつ、税制抜本改革における特別な人的控除の見直しとの関係等も踏まえ、具体的な検討を行う。

(6)生命保険料控除制度等の見直し〔所得税、個人住民税〕

現行の「生命保険料控除」・「個人年金保険料控除」（それぞれの上限額は国税５万円、地方税３万５千円。控除合計額国税１０万円、地方税７万円。）を再編し、新たに介護医療保険料控除を設け、それぞれの上限が国税４万円、地方税２万８千円である「一般生命保険料控除」・「介護医療保険料控除」・「個人年金保険料控除」を設けることとされた。これに伴い、生命保険料控除等の合計額については、国税は１２万円に拡充されるとともに、地方税は７万円とされた。

また、新たな制度については、平成２４年１月から実施することとし、制度移行に伴う諸課題の検討・準備を進め、平成２２年度改正により法制上の措置を行うこととされた。

※(7)住宅に係るバリアフリー改修促進税制の期間延長〔所得税〕

高齢者・障害者等やその同居家族が、バリアフリー改修工事を含む増改築等の工事を行った場合に、工事費用に係る借入金の一定割合（＊）を税額控除できるバリアフリー改修促進税制について、その適用期限を５年間延長することとされた。

（＊）税額控除できる借入金の一定割合

（１）バリアフリー改修工事に係る借入金（２００万円まで）

：年末残高の２％を５年間税額控除

（２）（１）以外の増改築等に係る借入金

：年末残高の１％を５年間税額控除

＊ただし、控除対象となる（１）及び（２）における借入金額の上限は、合計１，０００万円。

※(8)高齢者向け優良賃貸住宅建設促進税制の延長及び拡充〔所得税、法人税、個人住民税、法人住民税、事業税、固定資産税〕

現行の高齢者向け優良賃貸住宅建設促進税制について、次のとおり延長及び拡充することとされた。

（１）所得税・法人税

イ高齢者向け優良賃貸住宅の建設に係る割増償却の特例措置の適用期限を２年間延長する〔２０％の割増償却（耐用年数３５年以上のものは２８％の割増償却）〕。

ロ生活支援施設付き高齢者向け優良賃貸住宅について、割増償却の特例措置を拡充する〔４０％の割増償却（耐用年数３５年以上のものは５５％の割増償却）〕。

（２）固定資産税

イ生活支援施設付き高齢者向け優良賃貸住宅も固定資産税の減額対象に加える（５年間１／３に減額）。

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│	(9)高齢者を多数雇用する事業所に係る特例措置の創設〔所得税、法人税、個人住民税、法人住民税、事業税〕（再掲） ※(10)子育て支援税制（事業所内託児施設に係る法人税の優遇措置（割増償却））の延長〔法人税、法人住民税、事業税〕（再掲）	│
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(1)障害者自立支援法等の見直しに伴う税制上の所要の措置〔その他〕

現在検討を行っている障害者自立支援法等の見直しの具体的内容を踏まえ、税制上の所要の措置を講ずることとされた。

(2)パラリンピックメダリストに対する報奨金に係る非課税措置の創設〔所得税、個人住民税〕

パラリンピックメダリストに対する報奨金について、オリンピックメダリストに対する報奨金と同様、所得税の非課税措置を創設することとされた。

┌		┐
│	(3)障害者を多数雇用する事業所に係る特例措置の延長〔所得税、法人税、個人住民税、法人住民税、事業税、不動産取得税、固定資産税〕（再掲） ※(4)住宅のバリアフリー改修促進税制の期間延長〔所得税、個人住民税〕（再掲）	│
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(1)生活衛生同業組合等が設置する共同利用施設に係る特別償却制度の適用期限の延長〔法人税、法人住民税、事業税〕

生活衛生同業組合等が共同利用施設（＊）を設置した際に、取得価格の８％の特別償却を認める特例措置について、その適用期限を２年間延長することとされた。

（＊）共同利用施設
・共同冷凍庫	・研修施設
・共同配送用保冷車両	・研究施設
・共同特殊品処理工場	・移動研修車
・共同購入資材配送車両	・共同スポーツ施設
・共同特殊品保管庫	・共同調理炊飯施設	等

(2)クリーニング業等における公害防止用設備に係る特別償却制度の適用期限の延長〔所得税、法人税、個人住民税、法人住民税、事業税〕

公害防止用の特定設備（＊）を取得した際に特別償却を認める特例措置について、その適用期限を２年間延長することとされた。

（＊）対象設備

（１）テトラクロロエチレン排出防止装置を備えたドライクリーニング装置

（２）活性炭吸着回収装置(既存ドライクリーニング装置に装着する装置)

・テトラクロロエチレン

ドライクリーニング溶剤として使用され、発ガン性等が疑われる物質。大気汚染防止法において、健康被害のある指定物質として規定されており、抑制基準の設定により排出抑制が図られている。

※(3)生活衛生関係営業者等の事業基盤強化設備に係る特別償却制度等の適用期限の延長〔所得税、法人税、個人住民税、法人住民税、事業税〕

中小企業者である生活衛生関係営業者等（＊１）が一定金額以上（＊２）の事業基盤強化設備等（＊３）を取得した際に、取得価格の３０％の特別償却又は７％の税額控除を認める特例措置について、その適用期限を２年間延長することとされた。

（＊１）対象業種は、卸売、小売、飲食店（生活衛生関係営業の運営の適正化及び振興に関する法律第５６条の３第１項に規定する振興計画について同項に規定する認定を受けた生活衛生同業組合又は生活衛生同業小組合の組合員のみ）及びサービス業。

（＊２）一定金額

（＊３）事業基盤強化設備等

飲食店営業については、業務用電気冷蔵庫、業務用電気洗濯機、業務用食器洗浄機、コンベクションオーブンなどが対象。その他、卸売、小売、サービス業については、基本的に対象設備等に限定はない。

※(4)生活衛生同業組合等及び消費生活協同組合等の貸倒引当金の特例措置の適用期限の延長〔法人税、法人住民税、事業税〕

生活衛生同業組合等及び消費生活協同組合等の貸倒引当金について、通常の場合の損金算入限度額の１１６％相当額を損金算入限度額とする特例措置について、その適用期限を２年間延長することとされた。

※(5)生活衛生同業組合等及び消費生活協同組合等の留保所得に係る特別控除制度の適用期限の延長〔法人税、法人住民税、事業税〕

留保所得の３２％相当額を所得計算上、損金に算入することができる特例措置については、見直しが行われ、設立後１０年以内の協同組合等に限定されたうえで、適用期限を２年間延長することとされた。ただし、その設立が各都道府県又は全国に一と限定されている協同組合等については、引き続き適用を認めることとされた。

（＊）生活衛生同業組合等については、各都道府県又は全国につき一に限定されていることから、設立後１０年を超えている場合も引き続き適用を認めることとされた。

※(6)中小企業に対する法人税の軽減税率の時限的引下げ〔法人税、法人住民税〕

中小法人等（＊）について、平成２１年４月１日から平成２３年３月３１日までの間に終了する各事業年度の年８００万円以下の金額に対する法人税の軽減税率を、現行の２２％から１８％に引き下げることとされた。

（＊）中小法人等

※(7)中小企業の欠損金の繰戻し還付の復活〔法人税〕

中小法人等（＊）の平成２１年２月１日以後に終了する各事業年度において生じた欠損金額については、欠損金の繰戻しによる還付制度の適用ができることとされた。

（＊）中小法人等の範囲については上記(6)の項と同じ。

※(8)外国子会社配当益金不算入制度の創設〔法人税、法人住民税、事業税〕

外国子会社に関する外国税額控除制度を廃止し、外国子会社から受ける配当を益金不算入とする制度を創設することとされた。これによって、国際展開する国内製薬会社についても、海外子会社から受け取る配当金については、法人税、法人住民税及び事業税が非課税とされた。

※(9)産業活力再生特別措置法に係る税制上の特例措置の延長及び拡充等〔所得税、法人税、登録免許税、個人住民税、法人住民税、事業税、不動産取得税〕

産業活力再生特別措置法で規定する計画の認定を受けた事業者等については、引き続き、取得する事業革新設備についての特別償却制度や登録免許税の軽減措置を受けられることとされた。また、不動産取得税については、軽減措置を延長すると同時に、対象を拡大することとされた。

※(10)鉱工業技術研究組合の所得計算の特例〔法人税、法人住民税、事業税〕

共同研究及び成果の普及・実用化を促進する観点から鉱工業技術研究組合制度を見直し、見直し後の組合について、所得計算の特例措置について、その適用期限を２年間延長することとされた。

※(11)企業再生税制の適用要件の拡充〔法人税、法人住民税、事業税〕

「一定の私的整理」要件の一つ「２以上の金融機関等の債務免除」において、自己に対する債権の現物出資を受ける場合と同様の取扱いとすることを追加するとともに、債務免除を行う者の対象範囲に「地方公共団体」を追加する等の措置を行うこととされた。

(12)戦没者等の遺族に対する特別弔慰金に係る非課税及び差押え禁止措置の存続〔所得税、印紙税、個人住民税、その他〕

戦没者等の遺族に対する特別弔慰金の支給に係る所得税等の非課税措置及び当該特別弔慰金の差押え禁止措置が存続することとされた。

(13)日本年金機構の固定資産税課税対象資産に係る国有資産等所在市町村交付金の非交付措置の創設〔市町村交付金〕

国から日本年金機構に承継される固定資産のうち固定資産税が課されるものについて、国有資産等所在市町村交付金の交付対象から除外する措置を講ずることとされた。

問い合わせ先： 社会保障担当参事官室 政策第二係 山田章平、佐野耕作（内線7693） 労働政策担当参事官室 企画第二係 田平浩二、亀井遵児（内線7991）

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