平成25年12月31日現在
※ は稼働中の指定入院医療機関
1．国関係
| (1) 国立病院機構花巻病院（岩手県） | 33床 | |
| (2) 国立病院機構下総精神医療センター（千葉県） | 33床 | |
| (3) 国立精神・神経医療研究センター病院（東京都） | 66床 | |
| (4) 国立病院機構久里浜医療センター（神奈川県） | 50床 | |
| (5) 国立病院機構さいがた医療センター（新潟県） | 33床 | |
| (6) 国立病院機構北陸病院（富山県） | 33床 | |
| (7) 国立病院機構小諸高原病院（長野県） | 17床 | |
| (8) 国立病院機構東尾張病院（愛知県） | 33床 | |
| (9) 国立病院機構榊原病院（三重県） | 17床 | |
| (10) 国立病院機構やまと精神医療センター（奈良県） | 33床 | |
| (11) 国立病院機構鳥取医療センター（鳥取県） | 17床 | |
| (12) 国立病院機構賀茂精神医療センター（広島県） | 33床 | |
| (13) 国立病院機構肥前精神医療センター（佐賀県） | 33床 | |
| (14) 国立病院機構菊池病院（熊本県） | 23床 | |
| (15) 国立病院機構琉球病院（沖縄県） | 33床 |
（病床数は予備病床を含む）
2．都道府県関係
※ は稼働中の指定入院医療機関
| (1) 茨城県立こころの医療センター | 17床 | |
| (2) 栃木県立岡本台病院 | 18床 | |
| (3) 群馬県立精神医療センター | 16床 | |
| (4) 埼玉県立精神医療センター | 33床 | |
| (5) 東京都立松沢病院 | 33床 | |
| (6) 神奈川県立精神医療センター芹香病院 | 33床 | |
| (7) 山梨県立北病院 | 5床 | |
| (8) 長野県立こころの医療センター駒ヶ根 | 6床 | |
| (9) 静岡県立こころの医療センター | 12床 | |
| (10) 滋賀県立精神医療センター | 23床 | |
| (11) 大阪府立精神医療センター | 33床 | |
| (12) 岡山県精神科医療センター | 33床 | |
| (13) 山口県立こころの医療センター | 8床 | |
| (14) 長崎県病院企業団長崎県精神医療センター | 17床 | |
| (15) 鹿児島県立姶良病院 | 17床 | |
| (16) 山形県立鶴岡病院 | 整備中 | |
| (17) 愛知県立城山病院 | 整備中 |
※病床整備の現状：791床 〔うち国関係：487床 都道府県関係304床〕（平成25年11月1日現在）
（病床数は予備病床を含む）
