輸出国の事情、食品の特性、同種食品の違反事例から、食品衛生法違反の可能性が高いと判断される食品等について、厚生労働大臣の命により、輸入者自らが費用を負担し検査を実施し、適法と判断されるまで輸入手続きを進めることができない検査制度を「検査命令制度」といいます。

モニタリング検査制度

　食品衛生法違反の可能性が低い食品等について、品目毎の年間輸入量及び過去の違反実績を勘案した年間計画に基づき、厚生労働省検疫所において実施される検査制度を「モニタリング検査制度」といいます。
　モニタリング検査は多種多様な輸入食品の衛生上の状況を把握することを目的に、円滑な輸入・流通を認めていることから、試験検体の採取は行われますが、試験結果の判定を待たずに輸入手続きを進めることができます。

その他の検査制度

　モニタリング以外の行政検査としては、初回輸入食品等の検査、食品衛生法に違反な食品等の確認検査、輸送途中で事故が発生した食品等の確認検査等が厚生労働省検疫所の食品衛生監視員により実施されます。
　また、初回輸入時や定期的な輸入時に、輸入者としての食品衛生安全確保義務責任の観点から、必要な項目について確認試験を行うよう厚生労働省検疫所から指導を行う場合があります。