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| 区 分 | 担 当 課 | 内 線 |
| [行政政策研究分野] | ||
| 厚生行政科学研究 | 大臣官房政策課 | ２９３１ |
| 厚生科学特別研究 | 大臣官房厚生科学課 | ３８０９ |
| 社会保障・人口問題政策調査研究 | 大臣官房政策課 | ２９３１ |
| 保健医療福祉地域総合調査研究 | 保健医療局地域保健・健康増進栄養課 | ２３３７ |
| 厚生科学基盤技術政策調査研究 | 大臣官房厚生科学課 | ３８０９ |
| 統計情報高度利用総合研究 | 大臣官房統計情報部保健社会統計課保健統計室 | ４２２５ |
| 障害者等保健福祉総合研究 | 大臣官房障害保健福祉部企画課 | ３０１８ |
| 精神保健医療研究 | 大臣官房障害保健福祉部精神保健福祉課 | ３０５９ |
| 健康政策調査研究 | 健康政策局総務課 | ２５２０ |
| 看護対策総合研究 | 健康政策局看護課 | ２５９４ |
| 情報技術開発研究 | 健康政策局研究開発振興課 | ２５８８ |
| 災害時支援対策総合研究 | 健康政策局指導課 | ２５５４ |
| 健康増進研究 | 保健医療局地域保健・健康増進栄養課 | ２３３７ |
| ワクチン・予防接種対策総合研究 | 医薬安全局血液対策課 | ２９０８ |
| 食品衛生調査研究 | 生活衛生局食品保健課 | ２４５２ |
| 熱媒体人体影響調査研究 | 生活衛生局食品保健課 | ２４５２ |
| 残留農薬安全対策総合調査研究 | 生活衛生局食品化学課 | ２４８５ |
| 食品規制国際的ハーモナイぜーション促進研究 | 生活衛生局食品保健課 | ２４５２ |
| 医薬品等国際ハーモナイぜーション促進研究 | 医薬安全局審査管理課 | ２７３５ |
| 薬物療法等有用性向上推進研究 | 医薬安全局企画課 | ２７１２ |
| 血液研究 | 医薬安全局血液対策課 | ２９０８ |
| 麻薬等対策総合研究 | 医薬安全局麻薬課 | ２７７８ |
| 創薬科学総合研究事業 | 健康政策局研究開発振興課 | ２５４３ |
| オーファンドラッグ開発研究 | 健康政策局研究開発振興課 | ２５４３ |
| ヒューマンサイエンス基礎研究 | 健康政策局研究開発振興課 | ２５４３ |
| [疾病対策研究分野] | ||
| 長期慢性疾患総合研究 | 保健医療局地域保健・健康増進栄養課生活習慣病対策室 | ２３４７ |
| 非Ａ非Ｂ型肝炎研究 | 保健医療局結核感染症課 | ２３８２ |
| [総合的プロジェクト研究分野] | ||
| がん克服戦略研究 | 保健医療局地域保健・健康増進栄養課生活習慣病対策室 | ２３４７ |
| 長寿科学総合研究 | 老人保健福祉局老人保健課 | ３９４３ |
| 健康地球研究計画推進研究 | 生活衛生局企画課 | ２４１８ |
| [先端的厚生科学研究分野] | ||
| 脳科学研究 | 保健医療局エイズ疾病対策課 | ２３５６ |
| ヒトゲノム・遺伝子治療研究 | 大臣官房厚生科学課 | ３８０９ |
| 高度先端医療研究 | ||
| 治療機器等開発研究分野 | 健康政策局研究開発振興課 | ２５４３ |
| 人工血液開発研究分野 | 医薬安全局血液対策課 | ２９０８ |
| 新興・再興感染症研究 | 保健医療局結核感染症課 | ２３８２ |
| エイズ対策研究 | ||
| エイズ対策研究 | 保健医療局エイズ疾病対策課 | ２３５７ |
| エイズ医薬品等開発 | 健康政策局研究開発振興課 | ２５４３ |
| 感覚器障害及び免疫・アレルギー等研究 | ||
| 感覚器障害研究分野 | 大臣官房障害保健福祉部企画課 | ３０１８ |
| 免疫・アレルギー等研究分野 | 保健医療局エイズ疾病対策課 | ２３５６ |
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