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| 区 分 | 担 当 課 | 内 線 |
| [行政政策研究分野] | ||
| 政策科学推進研究 | 大臣官房政策課 | ２９３１ |
| 厚生科学特別研究 | 大臣官房厚生科学課 | ３８０９ |
| 統計情報高度利用総合研究 | 大臣官房統計情報部保健社会統計課保健統計室 | ４２２５ |
| [総合的プロジェクト研究分野] | ||
| がん克服戦略研究 | 保健医療局地域保健・健康増進栄養課生活習慣病対策室 | ２３４７ |
| 長寿科学総合研究 | 老人保健福祉局老人保健課 | ３９４３ |
| 障害保健福祉総合研究 | 大臣官房障害保健福祉部企画課 | ３０１８ |
| 子ども家庭総合研究 | 児童家庭局母子保健課 | ３１７６ |
| [先端的厚生科学研究分野] | ||
| 脳科学研究 | 保健医療局エイズ疾病対策課 | ２３５６ |
| ヒトゲノム・遺伝子治療研究 | 大臣官房厚生科学課 | ３８０９ |
| 高度先端医療研究 | ||
| 治療機器等開発研究分野 | 健康政策局研究開発振興課 | ２５４３ |
| 人工血液開発研究分野 | 医薬安全局血液対策課 | ２９０８ |
| 新興・再興感染症研究 | 保健医療局結核感染症課 | ２３８２ |
| エイズ対策研究 | ||
| エイズ対策研究 | 保健医療局エイズ疾病対策課 | ２３５７ |
| エイズ医薬品等開発 | 健康政策局研究開発振興課 | ２５４３ |
| 感覚器障害及び免疫・アレルギー等研究 | ||
| 感覚器障害研究分野 | 大臣官房障害保健福祉部企画課 | ３０１８ |
| 免疫・アレルギー等研究分野 | 保健医療局エイズ疾病対策課 | ２３５６ |
| [健康安全確保総合研究分野] | ||
| 生活安全総合研究 | 生活衛生局企画課 | ２４１８ |
| 医薬安全総合研究 | 医薬安全局企画課 | ２７１２ |
| 健康科学総合研究 | 保健医療局地域保健・健康増進栄養課 | ２３３７ |
| 創薬等ヒューマンサイエンス総合研究 | 健康政策局研究開発振興課 | ２５４３ |
| 医療技術評価総合研究 | 健康政策局総務課 | ２５２０ |
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