(事業税)
○社会保険診療に係る事業税の非課税
 社会保険診療については、事業税は非課税とされている。
○医療法人に係る事業税率の軽減
 医療法人に係る社会保険診療以外の収入については、軽減税率が適用されている。
| 社会保険 診療報酬 | 自由診療、公害、労災、自賠責、 予防接種、健康診断等 | ||
| 個人 | 非課税 | 標準税率による課税 | |
| 医療法人 | 非課税 | 軽減税率による課税 | |
| 所得区分 | |||
| 400万円以下の部分 | 5.0%(通常 5.0%) | ||
| 400万円超800万円以下の部分 | 6.6%(通常 7.3%) | ||
| 800万円超の部分 | 6.6%(通常 9.6%) | ||
(所得税・法人税)
○社会保険診療報酬における概算経費率制度
 医業・歯科医業を営む個人又は医療法人は、社会保険診療報酬に係る所得計算において、その金額が5,000万円以下の場合は、実際の経費に代えて以下の概算経費率を適用することができる。
| 所得区分 | 経費率 | 
| 25百万円以下の部分 | 72% | 
| 25百万円超 30百万円以下の部分 | 70% | 
| 30百万円超 40百万円以下の部分 | 62% | 
| 40百万円超 50百万円以下の部分 | 57% | 
| 50百万円超の部分 | 適用なし | 
○特別償却制度
(固定資産税)
○救急医療用機器に係る課税標準の特例(H14.4.1〜H16.3.31)
 救急病院等の開設者が取得した260万円以上の一定の救急医療用機器(12機器)について、固定資産税の課税標準を3年度分に限り6分の5とする。
○バイオテクノロジー試験研究設備に係る課税標準の特例(H14.4.1〜H16.3.31)
 遺伝子組換え技術及びその成果を応用した技術の試験研究を行うために必要な機械その他の設備のうち、当該試験研究の実施に当たり生ずるおそれのある公共への危害を防止するものとして、「組替えDNA実験指針」で定められたもの(10設備)について、固定資産税の課税標準を3年度分に限り4分の3とする。