厚生労働科学研究費補助金による研究事業は、平成１８年度においては４つの研究分野に属する１７研究事業に分かれて実施されている（表１参照）。
表１．研究事業について
| 研究分野 | 研究事業 |
| I．行政政策 | １）行政政策 |
| ２）厚生労働科学特別 | |
| II．厚生科学基盤 ＜先端医療の実現＞ |
３）先端的基盤開発 |
| ４）臨床応用基盤 | |
| III．疾病・障害対策 ＜健康安心の推進＞ |
５）長寿科学総合 |
| ６）子ども家庭総合 | |
| ７）第３次対がん総合戦略 | |
| ８）循環器疾患等生活習慣病対策総合 | |
| ９）障害関連 | |
| １０）エイズ・肝炎・新興再興感染症 | |
| １１）免疫アレルギー疾患予防・治療 | |
| １２）こころの健康科学 | |
| １３）難治性疾患克服 | |
| IV．健康安全確保総合 ＜健康安全の確保＞ |
１４）医療安全・医療技術評価総合 |
| １５）労働安全衛生総合 | |
| １６）食品医薬品等リスク分析 | |
| １７）地域健康危機管理 |
「今後の中長期的な厚生労働科学研究の在り方に関する専門委員会」中間報告書に基づく平成１８年度研究事業について
| 基本理念 | 政策目標 | 主要な実現目標* | 研究事業 | |
| I. 行政政策研究分野 | 厚生労働行政の基盤となる政策研究の推進 | 少子・高齢・人口減少社会において持続可能な社会保障制度の構築（1-1-1） 政策決定及び評価の過程において活用される統計データの増加（1-1-2） 主要ドナー国たる我が国の効果的・積極的な国際社会への参画（1-2） 我が国を含めた国際的枠組みの強化、および人材育成・効果的活用（1-3） |
1. 行政政策（政策科学推進<1-1-1 政策科学推進, 1-1-2 統計情報総合>、1-2 社会保障国際協力推進<1-2-1 社会保障国際協力推進, 1-2-2 国際医学協力>、1-3 国際健康危機管理ネットワーク強化） | |
| 政策に直結し緊急性の高い研究の推進 | 2. 厚生労働科学特別研究 | |||
| II. 厚生科学基盤研究分野（先端医療の実現） | 先端医療実現のための基盤技術の開発 | 世界に冠たる先端技術の迅速かつ効率的な臨床応用による革新的医療の実現 再生医療分野における新たな治療技術の開発及び確立（3-1 再生医療研究） |
3. 先端的基盤開発（3-1 ヒトゲノム・再生医療等、3-2 萌芽的先端医療技術推進、3-3 身体機能解析・補助・代替機器開発3-4 創薬基盤総合研究事業<3-4-1 トキシコゲノミクス, 3-4-2 疾患関連たんぱく質解析, 3-4-3 政策創薬総合（旧創薬等ヒューマンサイエンス総合） 4. 臨床応用基盤（4-2 医療技術実用化総合研究<4-2-1 小児疾患臨床>） |
|
| 臨床研究（治験）基盤の整備の推進 | 国民ニーズに合った安全かつ効果的な革新的医療の臨床現場への速やかな提供 | 4. 臨床応用基盤（4-1 基礎研究成果の臨床応用推進、4-2 医療技術実用化総合研究<4-2-2 治験推進, 4-2-3 臨床研究基盤整備推進>） | ||
| III. 疾病・障害対策研究分野（健康安心の推進） | 生活習慣病対策とこころの健康の推進 | 健康維持、生活習慣病の発症及び死亡の減少等による健康寿命の延伸 | 8. 循環器疾患等生活習慣病対策総合 | |
| うつ病対策等による自殺率の低減 精神疾患の病態解明と画期的な治療法の開発 |
12. こころの健康科学 | |||
| がん予防・診断・治療法の開発 | がん患者の５年生存率の改善 | 7. 第3次対がん総合戦略 | ||
| 生涯を通じた女性の健康の向上・次世代育成 | 調整中 | 6. 子ども家庭総合 | ||
| 介護予防の推進 | 自立高齢者の要介護状態への移行及び軽度要介護者の悪化の防止（低減） | 5. 長寿科学総合 | ||
| 障害・難病等のＱＯＬの向上 | 障害者の自立を支援する手法の開発（9） 難病患者のＱＯＬの指標及び治療効果測定手法の確立（13） |
9. 障害関連 13. 難治性疾患克服 |
||
| 免疫・アレルギー疾患の克服 | 平成２２年度までに免疫アレルギー疾患を適切に管理する方法の開発・普及 | 11. 免疫アレルギー疾患予防・治療 | ||
| IV. 健康安全確保総合研究分野（健康安全の確保） | 新興・再興感染症対策等の充実 | エイズ・肝炎・新興再興感染症から国民を守るための研究の推進 | 10. エイズ・肝炎・新興再興感染症（10-1 新興・再興感染症、10-2 エイズ対策、10-3 肝炎等克服緊急対策） | |
| 食の安全の確保 | 食品による健康被害事例の低減 | 16. 食品医薬品等リスク分析（16-1. 食品の安心・安全確保推進） | ||
| 健康危機管理対策の充実 | 安心・安全な社会の形成にむけた地域健康危機管理の基盤形成、安全な水の安定供給確保、安全な生活環境の形成に資する研究の推進 | 17. 地域健康危機管理（旧 健康科学総合） | ||
| 医療等の安全確保 | 事業場における安全衛生水準の向上（15） | 14. 医療安全・技術評価総合 15. 労働安全衛生総合 |
||
| 医薬品・医療機器・薬物等の安全確保のためのレギュレーション整備（16-2） 化学物質のヒト健康影響に関する効率的な新評価手法の開発(16-3） ナノ物質のヒト健康影響に関する体系的な評価手法の開発（16-3） | 16. 食品医薬品等リスク分析（16-2 医薬品・医療機器等レギュラトリーサイエンス総合、16-3 化学物質リスク） | |||
| *実現目標： | 「基本理念」の下に国民に分かり易い「政策目標」の達成に資する評価可能な目標（「今後の中長期的な厚生労働科学研究の在り方に関する専門委員会」中間報告書から） |