研修医評価の手順については「医師法第１６条の２第１項に規定する臨床研修に関する省令」において、以下の様に定められている。
| ○ | 研修管理委員会は、研修医の研修期間の終了に際し、臨床研修に関する当該研修医の評価を行う。（第１７条） |
| ○ | 研修管理委員会は、単独型臨床研修病院又は管理型臨床研修病院の管理者に対し、当該研修医の評価を報告する。（第１７条） |
| ○ | 単独型臨床研修病院又は管理型臨床研修病院の管理者は、研修管理委員会の評価に基づき、研修医が臨床研修を修了したと認めるときは、臨床研修修了証を交付する。（第１７条第２項） |
また、平成１５年６月１２日発出「医師法１６条の２第１項に規定する臨床研修に関する施行について」において、以下の様に定められている。
| ○ | 指導医は、担当する分野における研修期間の終了後に、研修医の評価をプログラム責任者に報告する。（「6研修管理委員会等の要件」(8)） |
| ○ | プログラム責任者は、研修プログラムにあらかじめ定められた研修期間の終了の際に、研修管理委員会に対して、研修医ごとに臨床研修の目標の達成状況を報告する。（「6研修管理委員会等の要件」(6)ウ） |
| ○ | 研修管理委員会は、研修医の研修期間の終了に際し、臨床研修に関する当該研修医の評価を行う。（「17臨床研修の修了」(1)） |
| ○ | 単独型臨床研修病院又は管理型臨床研修病院の管理者は、研修管理委員会の評価に基づき、研修医が臨床研修を修了したと認めるときは、当該研修医に対して、臨床研修修了証を交付する。（「17臨床研修の修了」(2)） |
ただし、研修を途中で中断及び再開した場合の取扱いについては「医師法第１６条の２第１項に規定する臨床研修に関する省令」及び「医師法１６条の２第１項に規定する臨床研修に関する施行について」において以下の様に定められている。
| ○ | 研修管理委員会は、研修医が臨床研修を継続することが困難であると認める場合には、当該研修医がそれまでに受けた臨床研修に係る当該研修医の評価を行い、単独型臨床研修病院又は管理型臨床研修病院の管理者に対し、当該研修医の臨床研修を中断することを勧告する。（第１６条） |
| ○ | 単独型臨床研修病院又は管理型臨床研修病院の管理者は、研修管理委員会の勧告又は研修医の申出を受けて、当該研修医の臨床研修を中断することができる。（第１６条第２項） |
| ○ | 単独型臨床研修病院又は管理型臨床研修病院の管理者は、研修医の臨床研修を中断した場合には、当該研修医の求めに応じて、臨床研修中断証を交付する。（第１６条第３項） |
| ○ | 臨床研修を中断した者は、臨床研修病院に、臨床研修中断証を添えて、臨床研修の再開を申し込むことができる。（第１６条第４項） |
| ○ | 研修管理委員会は、研修医の研修期間の終了に際し、臨床研修に関する当該研修医の評価を行う。この場合において、研修管理委員会は、臨床研修中断証を提出し臨床研修を再開した研修医については、当該臨床研修中断証に記載された当該研修医の評価を考慮するものとする。（第１７条） |