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医系技官は、その専門的能力を背景として、厚生労働省をはじめとして、他省庁、国際機関等国内外を問わず、幅広い機関において活躍しています。
１ 厚生労働本省
保健・医療・福祉・労働に関する部局において、その専門知識を発揮する技術系行政官として、事務系行政官とともに厚生労働行政を担っています。
２ 厚生労働省付属機関
検疫・防疫の第一線機関である検疫所、試験研究機関である国立保健医療科学院、国立感 染症研究所、国立医薬品食品衛生研究所等、国立高度専門医療センターである国立がんセンター、国立循環器病センター、国立精神・神経センター、国立国際医療センター、国立成育医療センター、国立長寿医療センター、地方支分局である地方厚生局において、我が国の健康安全、科学技術政策の向上の一翼を担っています。
３ 他省庁
| 次のような省庁等において、保健・医療に関連する業務を担っています。
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| ・人 事 院 |
| 国家公務員の健康安全対策推進に関する分野
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| ・内 閣 官 房 |
| 安全保障、危機管理に関する分野
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| ・内 閣 府 |
| 我が国の総合的・基本的な科学技術政策の企画立案及び総合調整に関する業務(総合科学技術会議)、原子力の安全確保・防災・緊急時対応・環境モニタリングに関する業務(原子力安全委員会)、食品の安全確保のためのリスク評価に関する業務（食品安全委員会）
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| ・総 務 省 |
| 救急搬送体制等救急救助に関する分野
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| ・法 務 省 |
| 矯正施設収容者の保健・衛生・医療に関する分野
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| ・文部科学省 |
| 学校保健やエイズ教育等の学校健康教育分野や、放射線安全の分野、ライフサイエンスに関する研究振興分野
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| ・農林水産省 |
| 農林水産物の消費・安全に関する分野
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| ・環 境 省 |
| 有害化学物質等の環境に起因する健康影響の調査・研究や環境安全に関する分野、公害病患者の救済・予防等の環境保健分野、自然環境分野
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| ・防 衛 省 |
| 自衛隊員の衛生管理に関する分野
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４ 関係機関
国際協力機構、宇宙航空研究開発機構、医薬品医療機器総合機構等、保健医療科学や厚生労働行政と関係する機関
５ 海外
大使館・政府代表部（国際連合日本政府代表部、フィリピン大使館）、WHO（世界保健機関）、UNAIDS（国連合同エイズ計画）、UNSIC（国連インフルエンザ対策調整事務局）
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