食中毒菌の型別
 
感染ルートや原因食品を明らかにするための疫学調査の目的で行われる型別には、血清型、ファージ型、遺伝子型などがある。近年、遺伝子型別が汎用されるようになった。
遺伝子型別は、血清型別とは異なり、どの試験室においても実施することが可能で、得られた情報を交換することが可能である。遺伝子型別法としては、パルスフィールドゲル電気泳動による型別（PFGE typing）、polymerase chain reaction based restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP)、random amplified polymorphism DNA (RAPD)などが用いられている。
 
1）パルスフィールドゲル電気泳動による型別（PFGE typing）
　ゲノムDNAを制限酵素で消化した後にアガロースゲル内で電気泳動したバンドを解析する方法で、PFGE typingはサブタイピングの方法として広く用いられている。実施方法を標準化することで研究室間の差はなくなってきている。
2) polymerase chain reaction based restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP)
　C. <I>jejuni</I>の鞭毛蛋白をコードする遺伝子（<I>flaA</I>、<I>flaB</I>）は直列に配列しており、塩基配列が高度に保存された領域と、変化に富んだ領域が存在するため、鞭毛遺伝子はPCR-RFLP（polymerase chain reaction based restriction fragment length polymorphism）法により型別するのに適している。PCR法によりこの領域を増幅し、得られたDNA断片を制限酵素で切断し、そのパターンを電気泳動により比較することにより型別を行う。他菌種についても、それぞれ多型性の高い遺伝子を用いてPCR-RFLPが用いられている。
3）Random amplified polymorphism DNA (RAPD)
　RAPD法は10塩基程度のランダムな塩基配列からなるプライマーを用いて行うPCRで、ゲノムDNAからランダムに増幅された複数の増幅産物パターンを電気泳動で比較することにより型別を行う。操作法は簡便であり、実施しやすいが、研究室間での再現性に乏しいという問題が指摘されている。



