（１） 医業経営の安定の確保

以下の課税特例措置について全て存続とされた。

(1)	社会保険診療報酬に係る事業税の非課税措置の存続〔事業税〕
(2)	医療法人に係る事業税（社会保険診療報酬以外分）の軽減措置の存続〔事業税〕

（２） 医業経営の近代化・効率化の促進

(1)	医療用機器に係る特別償却制度の適用期限の延長〔所得税、法人税〕 　現行の課税特例措置について、２年間延長とされた。
(2)	特定医療法人における社会保険診療に係る収入の見直し〔法人税〕 　特定医療法人の法人税率の特例について、社会保険診療の収入割合の計算につき健康増進法に基づく健康増進事業の健康診査による収入金額を社会保険診療に係る収入金額に含めることとされた。
(3)	ＰＦＩ制度を活用した医療施設の整備を推進するための税制上の所要の措置〔不動産取得税、固定資産税、都市計画税〕 ※ 税制改正大綱で「検討事項」として以下のように記述された。 　ＰＦＩ事業については、国・地方公共団体が民間の資金や人材、技術等を効率的に用いて公的インフラの整備を促進する観点から、各税の性質に応じて、その課税のあり方をさらに検討する。
(4)	療養病床に係る割増償却制度の適用期限の延長〔所得税、法人税〕 　現行の課税特例措置について、２年間延長とされた。
(5)	平成１２年医療法改正による改正後の構造設備基準に適合した病院等への建て替えに係る特別償却制度の適用期限の延長〔所得税、法人税〕 　現行の課税特例措置について、２年間延長とされた。

２ 　救急体制の整備

○	救急用医療機器についての特別償却制度の適用期限の延長（平成１７年から「健康フロンティア戦略」に基づき実施）〔所得税、法人税〕 　対象から超音波式経頭蓋血流測定装置、生体情報モニターを除外したうえ、その適用期限を２年間延長することとされた。

３ 　医薬品・医療機器の安全対策の充実

○	医療安全に資する機器に係る特別償却制度の対象機器の追加・適用期限の延長〔所得税、法人税〕 　対象から輸液ポンプを除外したうえで、分娩監視装置、生体情報モニター等・ナースコール連動システム、調剤監査システム（散剤・水剤）を追加するとともに、その適用期限を２年間延長することとされた。

４ 　その他

○	産業活力再生特別措置法に係る税制上の特例措置の適用期限の延長〔所得税、法人税、不動産取得税〕 　共同現物出資をした場合の課税の特例措置の適用期限の延長を除き、現行の課税特例措置について２年間延長とされた。