平成２０年度 税制改正の概要
第１ 新健康フロンティア戦略等に基づく国民の健康の増進第２ 次世代育成を支援する少子化対策の推進第３ 成長力加速プログラム・イノベーション２５の推進第４ 健康な生活と安心で質の高い医療の確保第５ 誰もが安心して働ける労働環境の整備第６ 高齢者が生き生きと安心して暮らせる福祉社会の実現第７ 各種施策の推進 |
平成19年12月
厚生労働省
※・・・共同要望
第１ 新健康フロンティア戦略等に基づく国民の健康の増進
(1) 特定健診・特定保健指導に係る費用の医療費控除の適用〔所得税、個人住民税〕
「高齢者の医療の確保に関する法律」に基づき医療保険者が平成20年度から行うメタボリックシンドロームに着目した健診・保健指導（特定健診・特定保健指導）について、医療費控除の対象範囲に、特定保健指導のうち一定の積極的支援の対象者が負担する特定健診・特定保健指導に係る費用を、追加することとされた。
(2) 周産期医療の連携体制を担う医療機関が取得する分娩施設に係る特例措置の創設〔不動産取得税〕
周産期医療の連携体制を担う医療機関が取得する分娩の用に供する不動産に係る不動産取得税について、当該不動産の価格の２分の１に相当する額を価格から控除する課税標準の特例措置を２年間に限り講ずることとされた。
(3) たばこ対策としてのたばこ税の税率の引上げ〔たばこ税、地方たばこ税〕
たばこ対策としてのたばこ税の税率の引上げは、長期検討事項とされた。
第２ 次世代育成を支援する少子化対策の推進
(1) 「子どもと家族を応援する日本」重点戦略の策定に伴う税制上の所要の措置〔消費税、不動産取得税、固定資産税など〕
平成１９年内を目途に策定する「子どもと家族を応援する日本」重点戦略を踏まえた子育て支援に関する事業の位置付けの明確化等を行う法案の内容を見て検討することとされた。
(2) 社会的養護体制の見直しに関する児童福祉法等の改正に伴う税制上の所要の措置〔消費税、不動産取得税、固定資産税など〕
家庭的な環境の下で行う養育事業の創設等、社会的養護体制の質と量の拡充を図ることを内容とする法案の内容を見て検討することとされた。
(3) 周産期医療の連携体制を担う医療機関が取得する分娩施設に係る特例措置の創設〔不動産取得税〕 【再掲】
周産期医療の連携体制を担う医療機関が取得する分娩の用に供する不動産に係る不動産取得税について、当該不動産の価格の２分の１に相当する額を価格から控除する課税標準の特例措置を２年間に限り講ずることとされた。
第３ 成長力加速プログラム・イノベーション２５の推進
※(1) 研究開発税制の拡充〔所得税、法人税〕
試験研究費の増加分に対する税額控除割合の上乗せ措置を改変し、次の措置のいずれかを選択適用できる制度が創設された（適用期限２年間。いずれも試験研究費の総額に係る税額控除制度とは別に、当期の法人税額の１０％を限度とする）。
（i) 試験研究費の増加額の５％を税額控除する措置
（ii）売上高の１０％を超える試験研究費の一定割合を税額控除する措置
※(2) 教育訓練費の増加額に係る税額控除制度の適用期限の延長及び拡充〔所得税、法人税、法人住民税〕
大企業分については廃止されるとともに、中小企業分については、教育訓練費の総額に一定割合（８％〜１２％）を乗じた金額を税額控除できる制度に改組することとされた。
※(3) 産業活力再生特別措置法に係る登録免許税の特例措置の適用期限の延長〔登録免許税〕
産業活力再生特別措置法に係る税制上の特例措置（株式会社の資本金額の増加に関する登録免許税率の軽減等）について、一部見直しの上、適用期限を２年間延長することとされた。
※(4) 移転価格税制に係る徴収猶予制度の創設〔法人住民税、事業税〕
外国の関連会社との取引において移転価格を適用することによって生じる二重課税について、二国間の調整が済むまでの間、納税を猶予する制度を、地方税においても導入することとされた。
(5) 国立高度専門医療センターの独立行政法人化に係る非課税措置の創設〔所得税、法人税、法人住民税、事業税など〕
各国立高度専門医療センターが平成２２年度に独立行政法人へ移行することを内容とする法案の内容を見て検討することとされた。
(6) 障害者の「働く場」に対する発注促進税制の創設〔所得税、法人税、法人住民税〕
企業が、平成２０年度から平成２４年度までの間において、障害者自立支援法の就労継続支援を行う事業所等、障害者雇用促進法の特例子会社及び重度障害者多数雇用事業所に対する発注額を前年度より増加させた場合に、一定の期間内に取得等を行った固定資産について、上限の範囲内で当該増加額と同額の割増償却を認める措置を講ずることとされた。
第４ 健康な生活と安心で質の高い医療の確保
１ 医療法人制度の充実
(1) 社会医療法人に係る非課税措置等の創設〔所得税、法人税、消費税、法人住民税、事業税〕
平成２０年度から実施される都道府県の新たな医療計画に基づき救急医療、周産期医療、小児救急医療など地域において確保が困難な医療を担う社会医療法人について、以下の措置を講ずることとされた。
(i) 社会医療法人の医療保健業（附帯業務を除く）に係る法人税を非課税とし、その他の業務について軽減税率（２２％）を適用する。
(ii) 収益業務の収益の医業への繰入れを寄付金とみなし、損金算入できるようにする（５０％上限）。
(2) 改正医療法に基づく新たな医療法人への円滑な移行のための税制上の所要の措置〔贈与税〕
非営利性を徹底した「出資持分のない医療法人」への円滑な移行を促進する観点から、出資持分の放棄にかかる贈与税課税の判定基準を見直すこととされた。
２ 医療のＩＴ化の推進
※(1) 情報基盤強化税制の延長及び拡充〔所得税、法人税、法人住民税〕
医療機関等が、レセプト電算処理やレセプトのオンライン請求の実施のためのソフトウェア、ハードウェアを取得した場合に、その取得価額の７％の税額控除又は３５％の特別償却を認める特例措置については、資本金の額又は出資金の額が１億円以下の法人等について、取得価額の最低限度を７０万円（現行３００万円）以上に引き下げるとともにソフトウェアの追加等の対象設備の見直し等を行った上で、適用期限を２年間延長することとされた。
※(2) 中小企業投資促進税制の適用期限の延長〔所得税、法人税、法人住民税〕
医業、医薬品・医療機器産業、生活衛生関係営業等を行う中小企業者が、一定規模以上の機械装置、普通貨物自動車等を取得した場合に、その取得価額の７％の税額控除又は３０％の特別償却を認める特例措置について、その適用期限を２年間延長することとされた。
３ 医療提供体制の充実
(1) 周産期医療の連携体制を担う医療機関が取得する分娩施設に係る特例措置の創設〔不動産取得税〕 【再掲】
周産期医療の連携体制を担う医療機関が取得する分娩の用に供する不動産に係る不動産取得税について、当該不動産の価格の２分の１に相当する額を価格から控除する課税標準の特例措置を２年間に限り講ずることとされた。
※(2) エネルギー需給構造改革推進投資促進税制の延長及び拡充〔所得税、法人税、法人住民税〕
医療法人が運営する病院等のＣＯ２の排出削減に向けた取組を支援するため、エネルギー需給構造改革推進設備等を取得した場合の特別償却（３０％）又は税額控除（７％）を認める特例措置については、対象設備の見直しを行った上で、適用期限を２年間延長する措置を講ずることとされた。なお、新たに業務用ビルの省エネ対策支援の拡充として、（i）高効率ビルシステム導入支援、（ii）ビルエネルギー管理システム（ＢＥＭＳ）の導入支援といった措置を講ずることとされた。
※(3) 病院等建築物に係る耐震改修促進税制の適用期限の延長〔所得税、法人税〕
耐震改修工事に要した費用のうち一定額（１０％）の特別償却を認める特例措置の適用期限を２年間延長することとされた。
※(4) 医療機関が取得した地震防災対策用資産に係る課税標準の特例措置の適用期限の延長〔固定資産税〕
地震等の災害時における医療機能の確保のため、医療機関が防災対策用資産を取得した場合の固定資産税に係る特例措置について、課税標準の価格を４分の３に見直したうえで適用期限を２年間延長することとされた。
(5) 社会保険診療報酬等に係る消費税のあり方の検討〔消費税〕
社会保険診療報酬等に係る消費税のあり方の検討については、長期検討事項とされた。
(6) 社会保険診療報酬に係る非課税措置の存続〔事業税〕
(7) 医療法人の自由診療部分等に係る軽減措置の存続〔事業税〕
現行の課税特例措置については、存続することとされた。
(8) 医師会等が行う開放型病院等に対する税制上の特例措置の存続等の公益法人制度改革に伴う税制上の所要の措置〔法人税〕
公益法人制度改革後も、収益事業の範囲について、地域の医療提供体制を支える医師会等が行う開放型病院等に係る医療保健業の除外措置について要件の見直しを行ったうえで存続する等、所要の整備を行うこととされた。
(9) 公益法人制度改革に伴う医療関係者の養成所等に係る税制上の所要の措置［固定資産税、都市計画税、不動産取得税］
医療提供体制を支える看護師等医療関係者の養成所等、公共性の高いこれらの施設等を運営する現制度の公益法人が、公益法人制度改革後に一般社団法人・一般財団法人となった場合には、平成２５年度分まで、既存施設について非課税措置を継続することとされた。
なお、公益社団法人又は公益財団法人が設置する看護師等医療関係者の養成所等について、現行の公益法人が設置するものと同様に非課税措置を講ずることとされた。
また、特例民法法人（新制度下の法人に移行する前の現制度の公益法人。経過措置期間は平成２０年１２月の施行から５年間。）から一般社団法人又は一般財団法人に移行する法人が設置する施設については、今後、移行状況や施設の使用実態等を把握したうえで、これまで一定の用途に供する施設に対して非課税措置が講じられてきた経緯も踏まえながら、平成２５年度までの間にできるだけ速やかに必要な検討を行い、適切な措置を講ずることとされた。
(10)救急医療用ヘリコプターに係る助成金交付事業を行う法人に対する寄附に係る寄附金控除の創設等〔所得税、法人税、相続税、法人住民税、事業税〕
寄附金に係る優遇税制の適用がある新公益法人制度又は認定ＮＰＯ法人制度による対応が可能とされた。
第５ 誰もが安心して働ける労働環境の整備
(1) 障害者の「働く場」に対する発注促進税制の創設〔所得税、法人税、法人住民税〕 【再掲】
企業が、平成２０年度から平成２４年度までの間において、障害者自立支援法の就労継続支援を行う事業所等、障害者雇用促進法の特例子会社及び重度障害者多数雇用事業所に対する発注額を前年度より増加させた場合に、一定の期間内に取得等を行った固定資産について、上限の範囲内で当該増加額と同額の割増償却を認める措置を講ずることとされた。
※(2) 給与所得者等が使用者から住宅資金の貸付け等を受けた場合の課税の特例期限の延長〔所得税、個人住民税〕
給与所得者等が自己の居住の用に供する住宅等の取得をする際に、使用者から受ける無利息の貸付等の経済的利益等に関する非課税措置の適用期限を２年間延長することとされた。
※(3) 新築住宅に係る税額の減額措置の適用期限の延長〔固定資産税〕
一定の要件を満たす新築住宅に対する固定資産税の減額措置の対象となる住宅の建築期限を２年間延長することとされた。
第６ 高齢者が生き生きと安心して暮らせる福祉社会の実現
(1) 後期高齢者医療制度の創設に伴う低所得者に対する所要の措置〔国民健康保険税〕
後期高齢者医療制度の創設に伴い、従来軽減を受けていた世帯について、従前と同様の軽減措置を一定期間受けることができる等、所要の措置を講ずることとされた。
(2) 介護費用に係る所得控除制度の創設〔所得税、個人住民税〕
検討事項として以下のように記述された。
要援護高齢者等の介護費用に係る税制上の措置については、介護保険の実施状況や介護保険制度改革に向けた検討状況を勘案しつつ、税制の抜本的改革における特別な人的控除の見直しとの関係等も踏まえ、具体的な検討を行う。
(3) 民間介護保険加入者に係る所得控除制度の創設〔所得税、個人住民税〕
検討事項として以下のように記述された。
少子・長寿化が進展する中、いわゆる生損保控除について、従来の制度目的が達成されているとの指摘や社会保障制度を補完する新たな商品開発の進展等を踏まえ、保険契約者の自助努力を支援するとの観点から、制度のあり方の抜本的見直しを行う。
(4) 平成２１年度までの基礎年金国庫負担割合２分の１の実現を図るための必要な税制上の整備
平成２１年度までの基礎年金国庫負担割合の２分の１を実現するための必要な税制上の整備については、長期検討事項とされた。税制改正大綱においては以下のように記述された。
消費税を含む税体系の抜本的改革については、今後、以下の「基本的考え方」に基づき、平成１６年年金改正法やこれまで政府・与党が定めてきた累次の方針を踏まえ、早期に実現を図る。なお、税体系の抜本的改革を行うに当たっては、内外の経済動向を注視し、必要に応じ、機動的・弾力的に対応することとする。
（中略）
平成２１年度における基礎年金国庫負担割合の２分の１への引上げに要する財源を始め、持続可能な社会保障制度とするために安定した財源を確保する必要がある。このため、年金、医療、介護等の社会保障給付や少子化対策に要する費用の見通しを踏まえつつ、これらの費用をあらゆる世代が広く公平に分かち合う観点から、税体系の抜本的改革を行う。
※(5) 退職年金等積立金に係る法人税（特別法人税）の廃止又は課税の停止措置の適用期限の延長〔法人税、法人住民税〕
現行の課税停止措置について、３年間延長することとされた。また、特別法人税の撤廃については、長期検討事項とされた。
※(6)企業型確定拠出年金における個人拠出の導入に係る掛金等の所得控除の適用〔所得税、個人住民税〕
※(7)個人型確定拠出年金の加入対象者の見直しに係る掛金等の所得控除の適用〔所得税、個人住民税〕
※(8)個人型確定拠出年金の拠出限度額の引上げ〔所得税、個人住民税〕
確定拠出年金関係の税制改正要望については、長期検討事項とされた。税制改正大綱においては、検討事項として以下のように記述された。
少子・長寿化が進展する中、年金制度の一環である確定拠出年金について、その制度改革の議論や公的年金制度改革の動向等を見極めつつ、老後を保障する公的年金と自助努力による私的資産形成の状況、企業年金における拠出の実態、各種企業年金制度間のバランス、貯蓄商品に対する課税との関連等に留意して、その課税のあり方について必要な検討を行う。
(9) 日本年金機構に係る非課税措置の創設〔所得税、法人税、法人住民税、事業税など〕
日本年金機構法によって設立される日本年金機構につき、その公益性の高さなどにかんがみ、法人運営及び事業に係る諸税について非課税の措置を講ずることとされた。
第７ 各種施策の推進
(1)中国残留邦人に対する新たな支援に係る社会保険診療報酬の課税の特例の対象の拡充等〔所得税、法人税、消費税、個人住民税、事業税〕
中国残留邦人に対する新たな支援策を実施するに当たり、新たな生活支援として行う医療支援給付等について、所得税及び法人税において医療機関等に対して社会保険診療報酬に係る概算経費控除を適用するとともに、消費税及び事業税を非課税とすることとされた。
(2) 共済事業を行う消費生活協同組合又は同連合会が共済事業を分離した場合における税制上の所要の措置〔法人税、法人住民税、事業税〕
一定基準以上の共済事業と他の事業との兼業が禁止されることになった改正生協法を受け、当該共済事業を行っている生協等について、共済事業を分離した場合の法人税について所要の措置を講じることとされた。
(3) 財団法人理容師美容師試験研修センターにおける試験及び免許登録事業の非課税措置の創設〔法人税、法人住民税、事業税〕
国からの委託により(財)理容師美容師試験研修センターが行う理容師美容師試験及び免許登録事業について、他の類似する国家資格に関して委託を受けている公益法人が非課税とされていることを踏まえ、同様に非課税とすることとされた。
※(4) 公害防止用設備に係る課税標準の特例措置の適用期限の延長〔固定資産税〕
公害防止対策の適正かつ円滑な推進を図るため、固定資産税の課税標準が１／３に軽減されている活性炭吸着式処理装置等 （テトラクロロエチレンを活性炭に吸着させて回収する装置及びこれと一体となって設置され、かつ、不可分の状態にあるドライクリーニング装置） 及び１／２に軽減されている地下水浄化施設 （テトラクロロエチレンを含む地下水の水質を浄化するための施設） については、その特例措置の適用期限を２年間延長することとされた。
※(5) 中小企業投資促進税制の適用期限の延長〔所得税、法人税、法人住民税〕 【再掲】
医業、医薬品・医療機器産業、生活衛生関係営業等を行う中小企業者が、一定規模以上の機械装置、普通貨物自動車等を取得した場合に、その取得価額の７％の税額控除又は３０％の特別償却を認める特例措置について、その適用期限を２年間延長することとされた。
(6) 基礎課税額及び後期高齢者支援金等課税額にかかる限度額の設定〔国民健康保険税〕
所得の動向等を勘案し、国民健康保険税の課税限度額の所要の見直しを行うこととされた。
(7) 公益法人制度改革に伴う社会福祉施設等に係る税制上の所要の措置〔固定資産税、都市計画税、不動産取得税〕
地域福祉を支える社会福祉施設等、公共性の高いこれらの施設を運営する現制度の公益法人が、公益法人制度改革後に一般社団法人・一般財団法人となった場合には、平成２５年度分まで、既存施設について非課税措置を継続することとされた。
なお、公益社団法人又は公益財団法人が設置する社会福祉施設等について、現行の公益法人が設置するものと同様に非課税措置を講ずることとされた。
また、特例民法法人（新制度下の法人に移行する前の現制度の公益法人。経過措置期間は平成２０年１２月の施行から５年間。）から一般社団法人又は一般財団法人に移行する法人が設置する施設については、今後、移行状況や施設の使用実態等を把握したうえで、これまで一定の用途に供する施設に対して非課税措置が講じられてきた経緯も踏まえながら、平成２５年度までの間にできるだけ速やかに必要な検討を行い、適切な措置を講ずることとされた。
(8) 公益社団法人若しくは公益財団法人又は一般社団法人若しくは一般財団法人が経営する勤労者福利厚生施設に係る非課税措置〔事業所税〕
公益社団法人若しくは公益財団法人又は一般社団法人若しくは一般財団法人（法人税において収益事業課税が適用されるものに限る。）が経営する専ら勤労者の利用に供する福利又は厚生のための施設について非課税とすることとされた。
(9) 公益法人制度改革に伴う税制上の所要の措置
平成２０年１２月より公益法人制度改革による新制度が開始されることに伴い、公益社団法人・公益財団法人について、新制度においても引き続き税法上の非課税措置等を受けられるようにすること等、税制上の所要の措置が講じられることとされた。
問い合わせ先：政策統括官付社会保障担当参事官室
室長補佐 山田章平（内線７７０６）
政策第二係長 草野哲也（内線７６９３）