Ⅴ．二次加工
　
　黄色ブドウ球菌食中毒は、菌が食品中で増殖する際に産生する毒素（エンテロトキシン）が原因の典型的な毒素型食中毒である。この毒素は非常に耐熱性が高いため、一般的な食品加工の殺菌・加熱処理や調理時の加熱条件では失活せず、加熱処理により菌体が死滅しても毒素は残存する。そのため細菌検査で黄色ブドウ球菌が陰性でも毒素が残存していれば食中毒の原因となる点が特徴的である。「脱脂粉乳を原料とした乳飲料による食中毒事件」は記憶に新しいところであるが、菌体は死滅しているが毒素が残存していた事例である。
　脱脂粉乳等の乳製品を原料とした乳製品の黄色ブドウ球菌汚染実態の報告は少なく、中国におけるヨーグルト（0%）及びアイスクリーム（14.3%）、インドにおける各種乳製品（アイスクリーム；41.6%、クルフィ；40%　等）が報告されている程度である。また前述の食中毒事例時の調査では、ヨーグルト、低脂肪乳から菌は検出されなかったが、毒素が検出されている\S（二次加工 汚染実態）#5-1\E。
　各種乳製品中での黄色ブドウ球菌の増殖性については、チーズ製造時の黄色ブドウ球菌の増殖性に関する報告が多い。スペイン、トルコ、アメリカでの報告によると、スターター添加の有無で黄色ブドウ球菌の増殖性が異なり、スターター添加の方が最終的な黄色ブドウ球菌数が1～2オーダー低くなると報告されている。発酵乳では4℃ 3日保存後に1/10～1/100に減少したとの報告がある（スロバキア）\S（二次加工 増殖特性）#5-2\E。
　毒素産生については、初発菌数が1000000cfu/mlオーダーのように高ければ、発酵乳のようなpHが低い乳製品でも、発酵及び冷蔵保存中に毒素が検出されるという報告がある。同様にカマンベールチーズでも初発菌数が1000cfu/mlオーダー以上であれば、熟成6日目以降には毒素が検出されると報告されている。その他のチーズでも毒素産生の報告が散見される。クリームやクリームを用いたケーキやパイでも、室温付近に保存されれば黄色ブドウ球菌が増殖し、毒素が産生されている\S（二次加工 毒素産生）#5-3\E。
　黄色ブドウ球菌の制御因子としては、チーズや発酵乳のような発酵乳製品においてスターター共存下では増殖が抑制される結果が報告されている\S（二次加工 制御）#5-4\E。
