製造工程における微生物汚染
          
製造工程中における微生物の汚染は、一般的に「付けない｣｢増やさない｣｢殺す」の3原則が言われている。
｢付けない」
製造工程においては、必ず人が触れる工程・製造機械を通る工程・製造器具が使われる工程があり、これらの工程では2次汚染が起こることが考えられる。そこで、これらの機器を常に清潔に保つことが重要である。また、工場内においては｢汚染区｣と「清潔区」を認識し、明確に区分けすることにより、あらゆるものを介して起こる汚染を防止することが必要である。
「増やさない」
原料仕込から最終製品の凍結までの工程における「温度」と「時間」に大きく影響されている。そのため、製造室の温度管理・製造工程の時間管理を行うことが重要である。また、保管庫（冷蔵庫・冷凍庫）の温度管理と温度変化を伴う工程における時間管理を徹底しなければならない。
｢殺す」
食品そのものの殺菌と使用する器具機材の殺菌の2つがある。食品そのものの殺菌は製造工程で最も重要なポイントであり、CCPとなる工程である。殺菌には｢化学的方法」「物理的方法」の2つがあり、製造工程ではこれらを単独・または組み合わせて殺菌が行なわれている。食品および器具・機材の特徴により加熱条件と薬剤が異なり、事前に十分な効果判定を行い、その条件を設定しなければならない。また、食品では殺菌後、作業工程を極力少なくすることにより、汚染の可能性を排除することも必要である。

工程中の細菌汚染が問題となった場合、その原因を調査するため各工程および作業者を含めた拭取り検査を実施し、その結果をもとに汚染原因を追求することが重要である。スペイン･インドでの工場のリステリア菌調査成績（スペイン；\S文献300#4-1\E、インド；\S文献342#3-1\E）から、本菌は工場内の設備、環境および作業員のあらゆるところから分離されており、このことから、作業員を介して設備等が汚染され、これらの洗浄殺菌が不十分なため、食品が汚染されていると考えられている。また、スペインの伝統料理を製造している工場（スペイン；\S文献313#2-2\E）では、原料肉に存在する病原菌が製造（ミンチおよび混合）工程で増殖することが確認されたため、混合作業時の交差汚染を防止する目的で「使い捨て手袋」を使用し、さらに混合後に加熱殺菌工程を加えたところ、製品の病原菌汚染に改善が見られている。日本の米飯工場（日本；\S文献51#1-1\E）においても、微生物汚染は器具の不適切な洗浄殺菌によることが示されている。
加熱工程を有しない製品については（日本；\S文献46#3-1\E）原材料の保管温度が重要な管理項目となる。一般的に畜産品･水産品の保存は0〜5℃、農産物は一部を除いて0〜10℃で、包装室は凍結品の温度上昇を最小限にするため20℃以下に保つことが大切である。
マリネを製造する工程（トルコ；\S文献350#2-2\E）では、漬け込み液のｐＨが低いため、その本工程がいわゆる殺菌及び制菌作用を有するため、細菌の増殖は見られない。
また、冷凍デザート工場の落下細菌･浮遊細菌の調査結果（エジプト；\S文献319#3-1\E、日本；\S文献69#3-1\E）から、衛生環境保持のための確実なバリデーションの実施と、微生物との共生の中でのリスクアセスメントを確立する必要があると報告されている。
インドのＨＡＣＣＰシステム導入えび工場（インド；\S文献363#3-1\E）では、微生物汚染についての問題は見られず、このシステムの重要性が示されている。

